Pendant plusieurs décennies, la gestion des frontières a été restreinte à la délimitation et à la démarcation ; ce qui faisait des zones frontalières des espaces abandonnés et démunis.
Mais dès 2007, les frontières au Bénin sont élevées au rang des priorités nationales et Consignées dans les Orientations Stratégiques de Développement (OSD 2006-2011) du Bénin.
Cette priorité a été confirmée dans la troisième génération de la Stratégie de Croissance pour la Réduction de la Pauvreté (SCRP 2011-2013) à travers le chapitre 8 intitulé « Développement équilibré et durable de l’espace national ».
Dans le but d’apporter une amélioration aux conditions de vie des populations dans les Espaces frontaliers, le Secrétariat Permanent de la Commission Nationale des Frontières (SP-CNF) sous la tutelle du Ministère de l’Intérieur et de la Sécurité Publique (MISP) a été créé et a démarré ses activités en 2007. Mais avec le caractère très sensible des questions relatives aux espaces frontaliers qui requièrent le plus souvent l’anticipation et la promptitude de réactions et d’actions dans la prise de décision ajouté à la grandeur des Enjeux et objectifs à atteindre, le SP-CNF a changé de statut juridique pour devenir une Agence à la fois beaucoup plus stratégique et opérationnelle.
Ainsi, a été créée l’Agence Béninoise de Gestion Intégrée des Espaces Frontaliers (ABeGIEF) par le décret N°2012-503 du 10 Décembre 2012 portant attributions, organisation et fonctionnement de ladite structure.